La 21 ianuarie 2016, oficiul Buiucani al Procuratorii Municipiului Chișinău, a inițiat urmărirea penală „în temeiul existenței unei bănuieli rezonabile privind săvârșirea infracțiunii” de împiedicare intenționată a activității mass-media, însoțită de sustragerea sau deteriorarea materialelor sau echipamentului jurnalistului, în baza unei plângeri depuse de Nichita Perestoronin, operatorul video al portalului de știri Today.md. El a invocat că a fost atacat în timpul protestelor din 20 ianuarie 2016, de către Anatolie Macovei, unul dintre protestatari, cunoscut în acea perioadă ca șef al gărzii populare a Platformei „Demnitate și Adevăr”. „Am vrut să mă duc de acolo și m-a tras de mână, mi-a luat camera și a început să o fărâme. Eu am văzut că a fost Anatolie Macovei”, spunea Perestoronin la acea vreme, citat de publika.md.
La începutul lunii februarie a aceluiași an, prin ordonanța procurorului general de atunci, Corneliu Gurin, respectiva cauză penală a fost retrasă din gestiunea Procuraturii sectorului Buiucani și transmisă Direcției generale urmărire penală a Inspectoratului General de Poliție. Ulterior, dosarul a fost conexat la o altă cauză penală. Potrivit răspunsului PG, peste opt luni, în octombrie 2016, PCCOCS, după reforma instituțională, a preluat activitatea secției menționate și a decis suspendarea urmăririi penale în dosarul dat, „fără a atribui vreun statut procesual cetățeanului Anatolie Macovei”.
Într-un răspuns oficial pentru Media Azi se menționează că „recent, PCCOCS a ridicat din arhivă respectivul dosar și a reluat urmărirea penală, în speța dată, cu formularea indicațiilor de rigoare, după îndeplinirea cărora persoanele interesate vor fi informate”. Procurorii nu explică motivele care au stat la baza acestei decizii, după o pauză de patru ani și jumătate.
Anatolie Macovei susține că încă nu a fost informat de către organele de drept cu privire la redeschiderea dosarului. El pledează nevinovat și spune că nu l-a agresat pe jurnalistul de la Today.md, dar și că presupusa agresiune ar fi fost organizată de persoane afiliate puterii de atunci. „Eu nu am avut statut pe acest dosar. Da, eu am fost audiat, dar asta a fost propaganda lui Plahotniuc (Vlad Plahotniuc, ex-lider al PDM - n.r.) că eu am făcut acest lucru. Pe urmă s-a dovedit că alți tovarăși au fost implicați. Acestea se numesc minciuni ale holdingului lui Plahotniuc. (...) Eu am fost citat, dar nu a fost nicio probă care ar indica că eu am făcut lucrul acesta. (...) Credeți-mă că, dacă era cea mai mică probă care atesta faptul că eu am fost implicat, ei mă împachetau și mă închideau”, a menționat Anatolie Macovei.
Totodată, el consideră că reluarea cauzei penale ar putea avea legătură cu o decizie de judecată din 25 februarie, potrivit căreia a fost anulat ordinul Ministerului Afacerilor Interne din 3 septembrie 2019 privind sancționarea disciplinară a sa, iar Ministerul a fost obligat să-l repună în funcție. „Eu am hotărârea judecătorească (privind restabilirea în funcție - n.r.) și ei vor cu orice preț să nu am acces la serviciu și ridică toate poveștile vechi. De ce până acum nu au investigat? Au trecut cinci ani. (...) Eu văd o coincidență neîntâmplătoare în toate aceste lucruri”, a comentat Anatolie Macovei.
Fostul șef al Direcției nr. 6 a fost concediat în baza unui ordin semnat de ministrul de Interne de atunci, Andrei Năstase, după ce Anatolie Macovei ar fi folosit mașina de serviciu în scopuri personale și a lipsit nemotivat de la muncă. El a ajuns în fotoliul de șef al Direcției Protecția Martorilor pe 30 martie 2016.
Potrivit serviciului de presă al MAI, până în prezent, Anatolie Macovei nu se regăsește în rândul angajaților instituției.